Diferentemente dos demais membros do CNJ, que dependem de indicações ou escolhas de seus respectivos órgãos, a escolha do Presidente do CNJ é automática e decorre de uma acumulação de funções.
O Ministro que for o Presidente do Supremo Tribunal Federal (STF) assumirá, simultaneamente, a presidência do Conselho Nacional de Justiça. Como o mandato para a presidência do STF é de 2 anos, o mandato do presidente do CNJ acompanhará esse período de 2 anos.
O STF possui um rito para a escolha de seu presidente e vice-presidente. Essa eleição baseia-se no princípio da rotatividade, uma tradição em que o ministro mais antigo que ainda não presidiu a Corte é escolhido. É uma votação simbólica para garantir que todos os ministros presidam a Corte e, consequentemente, o CNJ.
A Constituição determina que, nas ausências e impedimentos do Presidente do CNJ, a substituição será feita pelo Vice-Presidente do STF.
O Vice-Presidente do STF não faz parte da lista dos 15 membros efetivos que compõem o Plenário do CNJ. Ele funciona como um substituto supletivo. Ele não despacha nem trabalha no dia a dia do CNJ, atuando no Conselho apenas de forma excepcional, quando o Presidente estiver ausente ou impedido.
O fato de o Presidente do STF comandar o CNJ reforça a posição hierárquica das instituições no Brasil. O CNJ não possui qualquer poder de controle sobre o STF.
O CNJ vincula todos os órgãos jurisdicionais do país, salvo o Supremo Tribunal Federal. Os ministros do STF não se submetem às decisões do CNJ.
Uma resolução ou recomendação emitida pelo CNJ tratando de matéria disciplinar, técnica, administrativa, contábil ou financeira pode alterar as regras e afetar os ministros do STJ ou de qualquer tribunal inferior, mas jamais afetará os ministros do STF.