Após a fase de abertura, há a fase de instrução, destinada à produção probatória dentro do processo administrativo. As provas e a instrução em si estão presentes nos arts. 29 a 47 da Lei de Processo Administrativo. Até esta lei, não havia nenhuma normatização básica sobre a instrução.
A instrução que ocorre dentro do processo administrativo costuma correr perante um órgão especializado, enquanto outro órgão é responsável pela decisão a ser proferida. Logo, as funções de instrução e de julgamento costumam (apesar de não ser obrigatório) ser separadas.
Diante da relevância das provas para o processo administrativo, os autos devem ser organizados. Conforme o art. 29, § 1º, além de organizados, eles devem ser numerados, o que ocorre pouco na prática.
Como afirmado, é comum que haja um órgão específico que cuida especificamente da fase de instrução. Ele pode atuar de ofício – há uma faculdade (e, em alguns casos, um dever) de produção das provas que esclareçam os fatos. Pode a Administração solicitar provas ou produzir diretamente. Isto, contudo, não impede a produção de provas por parte dos interessados, que têm plena capacidade probatória.
A Administração Pública, em muitos casos, tem mais facilidade na produção probatória face o administrado. Pelo princípio da razoabilidade, ela deve trazer tal prova aos autos do processo administrativo. A Lei de Processo Administrativo, inclusive, é expressa ao dizer que se o interessado disser que há documento com a Administração, ela deve trazer o mesmo aos autos.
Os interessados têm alguns direitos e ônus dentro do processo administrativo. Segundo o art. 36, eles têm o direito de produzir as provas acerca dos fatos alegados – em regra, ele deve provar o que alega, salvo alterações resultantes da distribuição do ônus da prova. Da mesma maneira, o art. 40 garante a possibilidade de o interessado juntar aos autos documentos, inclusive aqueles que estão em posse da Administração Pública, bem como juntar pareceres e laudos e requerer diligências e inspeções. Ainda, todas as provas devem ser consideradas no relatório final e na decisão.
É um direito previsto ao interessado no art. 46 da Lei de Processo Administrativo e inclui o direito à vista, certidões e cópias. Neste sentido, a Súmula Vinculante nº 14 permite que o interessado tenha acesso aos elementos de prova documentados em procedimentos investigatórios, salvo aqueles ainda em curso.
Art. 46. Os interessados têm direito à vista do processo e a obter certidões ou cópias reprográficas dos dados e documentos que o integram, ressalvados os dados e documentos de terceiros protegidos por sigilo ou pelo direito à privacidade, à honra e à imagem.
Existem informações de acesso restrito. Segundo a Lei de Acesso à Informação, informações de interesse pessoal e de interesse do Estado e da sociedade podem ser restringidas, através de um processo de qualificação, no último caso, que divide as informações entre ultrassecretas, secretas e reservadas, limitando seu acesso por 25, 15 e 5 anos, respectivamente. As informações de caráter pessoal podem ser restritas por até 100 anos. Mesmo elas não podem ser negadas ao interessado quando essenciais a sua defesa.
O interessado, conforme art. 41 da Lei de Processo Administrativo, pode acompanhar a produção de provas, assim permite que ele verifique a sua produção e possa exercer seu direito de contraditório e ampla defesa. Da mesma maneira, pode acompanhar diligências e demais atos desta fase. Ele tem direito à intimação com ao menos 3 dias úteis de antecedência.
Art. 41. Os interessados serão intimados de prova ou diligência ordenada, com antecedência mínima de três dias úteis, mencionando-se data, hora e local de realização.
São aceitos todos os meios de prova do processo judicial dentro do processo administrativo, como as provas periciais, documentais, testemunhais, depoimento pessoal, confissão e produção de prova por participação popular.
A Lei de Processo Administrativo não trata de todos os meios de prova, mas todos eles são admitidos, aplicando-se as normas do processo judicial, desde que elas caibam. Supondo que um servidor responde a um processo criminal e a um processo administrativo pelos mesmos fatos. Dentro do processo judicial, foi licitamente autorizada uma interceptação telefônica. Esta prova pode ser utilizada no processo administrativo? Sim, admite-se plenamente a utilização da prova emprestada (Súmula 591, STJ).
É um ato que a autoridade administrativa pode tomar excepcionalmente. Ela nega que uma prova ingresse aos autos ou determina a sua retirada. Somente em quatro hipóteses isto é admissível, situações de provas vedadas, segundo art. 38, § 2º:
O Código de Processo Penal admite alguma flexibilização quanto à utilização da prova ilícita, que poderia, em algumas situações, ser utilizada, em especial quando ela é importante para a defesa do interesse público e quando for razoável sua utilização.
Art. 38, § 2º. Somente poderão ser recusadas, mediante decisão fundamentada, as provas propostas pelos interessados quando sejam ilícitas, impertinentes, desnecessárias ou protelatórias.