O processamento dos crimes de Abuso de Autoridade se dá, via de regra, por meio da Ação Penal Pública Incondicionada. Dessa forma, considera-se que a lesão ao bem jurídico afeta diretamente o interesse público e o Ministério Público é quem deve tomar a iniciativa de coibir a prática criminosa.

A situação comum é que o Ministério Público, ao ter ciência da prática abusiva, apresente denúncia em face da autoridade ou do agente público em questão (art. 129, I, CF). Entretanto, o art. 3º da lei traz algumas hipóteses em que o processamento pode acontecer de maneira diversa, além de algumas prerrogativas do MP:

Art. 3º  Os crimes previstos nesta Lei são de ação penal pública incondicionada.

§ 1º  Será admitida ação privada se a ação penal pública não for intentada no prazo legal, cabendo ao Ministério Público aditar a queixa, repudiá-la e oferecer denúncia substitutiva, intervir em todos os termos do processo, fornecer elementos de prova, interpor recurso e, a todo tempo, no caso de negligência do querelante, retomar a ação como parte principal.

§ 2º  A ação privada subsidiária será exercida no prazo de 6 (seis) meses, contado da data em que se esgotar o prazo para oferecimento da denúncia.

Através da leitura do caput e do §1º podemos ver que, assim como no CPP, o particular pode apresentar queixa sobre o abuso de autoridade quando o Ministério Público se mostrar inerte. Quando a ação penal não é promovida no prazo legal, o particular pode apresentar a queixa e configurar como querelante no processo -  é o que se chama de Ação Penal Privada Subsidiária da Pública.

Diante da situação, o Ministério Público têm três opções:

  1. Adicionar elementos à queixa, 
  2. Repudiá-la ou 
  3. Oferecer uma denúncia em substituição

Quando a ação penal é realmente oferecida (não ocorre arquivamento do inquérito) o MP exerce a função de fiscalizar o processo, podendo intervir nos termos, expor elementos de prova, interpor recursos ou até mesmo figurar na ação como parte principal se o querelante for negligente.

Basicamente, o processamento para os crimes de abuso de autoridade segue a lógica padrão da ação penal pública, prevendo a mesma hipótese de ação privada subsidiária.

O prazo para apresentar a queixa, porém, é de 6 meses a partir do fim do prazo que o MP possui para formular e intentar a denúncia.