A Lei 9.271/1996 modificou alguns aspectos a respeito do prosseguimento do processo quando o réu é citado ou intimado mas não comparece aos atos processuais. Originalmente o art. 366 do CPP determinava que o processo seguiria à revelia do acusado nessas hipóteses, quando não houvesse motivo justificado para o não comparecimento. Porém, tal previsão violava gravemente o direito à ampla defesa nos casos em que a citação ocorria por meio de edital, que é uma espécie de ficção jurídica, pois considera-se citado um indivíduo que não o foi de fato, mas apenas pela publicação de um edital. Essa modalidade de citação é utilizada quando o réu encontra-se em local incerto e não sabido, e falharam todas as tentativas de obtenção de seu endereço. Diante disso, publica-se na imprensa oficial e fixa-se, na sede do juízo, edital, dando ciência ao réu de que contra ele existe um processo.
Como na citação por edital, na prática, o réu desconhece a existência do processo, e o defensor técnico nomeado não possui contato com o acusado, tornando quase impossível o levantamento de provas ou a verificação de eventuais excludentes de antijuridicidade e culpabilidade, constitui-se verdadeiro prejuízo à ampla defesa. Em razão de tais problemas foi editada a mencionada Lei 9.271/1996, que passou a tratar o prosseguimento do processo na ausência do réu de duas formas:
Essa é a redação atual do art. 366 do CPP. Entretanto, questionou-se a quais casos a referida legislação se aplicaria, já que a suspensão do processo é instituto de direito processual, mas a suspensão da prescrição é instituto de direito material. Três correntes surgiram na doutrina:
A questão foi pacificada pelo STF no HC 83.864, adotando o terceiro posicionamento e entendendo que a legislação como um todo seria mais gravosa aos acusados pela suspensão da prescrição, logo deveria seguir a regra das leis processuais materiais e somente se aplicar aos casos ocorridos após a vigência da Lei 9.271/1996.