O procedimento disciplinar é procedimento administrativo próprio para apurar faltas disciplinares, previsto de forma superficial no art. 59:
Art. 59. Praticada a falta disciplinar, deverá ser instaurado o procedimento para sua apuração, conforme regulamento, assegurado o direito de defesa.
Parágrafo único. A decisão será motivada.
Há entendimentos diversos sobre a imprescindibilidade ou não da instauração do procedimento disciplinar para a apuração de todos os tipos de falta. Mas, no geral, entende-se que este é sempre necessário à apuração de faltas graves, até para que possam ser reconhecidos efeitos como a regressão de regime, em razão do disposto no parágrafo único do art. 48 da LEP.
Art. 48. Na execução das penas restritivas de direitos, o poder disciplinar será exercido pela autoridade administrativa a que estiver sujeito o condenado.
Parágrafo único. Nas faltas graves, a autoridade representará ao Juiz da execução para os fins dos artigos 118, inciso I, 125, 127, 181, §§ 1º, letra d, e 2º desta Lei.
O procedimento disciplinar deve incluir a colheita de evidências possíveis, como a oitiva do acusado da falta e de agentes envolvidos.
Conforme entendimento do STJ (HC 186.525), durante o procedimento disciplinar, deve ser garantida a defesa técnica (advogado ou defensor constituído), em respeito à ampla defesa e ao contraditório, assegurados no caput do art. 59.
Atenção: conforme entendimento firmado pelo STF nas Rcl 9164 e 9143, não se aplica, no âmbito do procedimento administrativo penal, a Súmula Vinculante n. 5: A falta de defesa técnica por advogado no processo administrativo disciplinar não ofende a Constituição.
Ao final do procedimento, a autoridade administrativa (diretor do presídio) decide, reconhecendo a falta e a classificando (em grave, média ou leve) ou absolvendo o acusado. Caso haja reconhecimento da falta, nesse momento já é possível que tal autoridade aplique alguma sanção administrativa (como rebaixamento da conduta carcerária).
A seguir, a autoridade deverá representar o acusado ao juiz, remetendo o procedimento disciplinar. Deve haver oitivas, incluindo a do acusado, e manifestação do Ministério Público e da defesa. O procedimento é nulo se não passar pela defesa. Em juízo, é garantida a oitiva do acusado. Em seguida, o juiz deve homologar ou não a decisão anterior da autoridade administrativa e mandar aplicar as sanções cabíveis.
Contra a decisão do Juiz, caberá o recurso de Agravo em Execução, seja pelo acusado ou pelo Ministério Público.
Há diversos posicionamentos sobre o prazo de prescrição da falta grave: